Bio-Fab: Prima società italiana certificata per i servizi di sequenziamento Oxford NANOPORE

I laboratori di sequenziamento Bio-Fab sono lieti di aggiungere ai propri servizi di sequenziamento la terza generazione TGS o Third-generation sequencing (anche conosciuta come long-read sequencing). Le conoscenze acquisite nel corso di questi anni di utilizzo di questa tecnologia di sequenziamento, a partire dal MinION per arrivare al GridION, sono ora certificate dalla Oxford NANOPORE

I servizi long-read Sequencing Bio-Fab sono certificati per le seguenti macroaree di sequenziamento:

1. Sequenziamento di low input DNA per target specifici (Amplicon Sequencing);
2. Sequenziamento di high input DNA (Whole Genome Sequencing);
3. Sequenziamento di RNA retrotrascritto (cDNA);
4. Sequenziamento di RNA diretto;
5. Bioinformatica e analisi dei dati.

I. Sequenziamento di low input DNA per target specifici (Amplicon Sequencing)

Questo tipo di sequenziamento è adatto per campioni con una bassa quantità di DNA e per l’amplificazione di specifici target (es.: 1500 nt del gene 16S). Inoltre, è possibile barcodare i campioni e sequenziarli insieme, riducendo così i costi a campione.

II. Sequenziamento di high input DNA (Whole Genome Sequencing)

Questo tipo di sequenziamento, poiché non prevede nessuno step di frammentazione e/o di amplificazione, è adatto per campioni con un’alta quantità di DNA e per interi genomi o lunghi ampliconi. Inoltre, è possibile barcodare i campioni e sequenziarli insieme, riducendo così i costi a campione.

III. Sequenziamento di RNA retrotrascritto (cDNA)

Questo tipo di sequenziamento è adatto per campioni con una bassa quantità di RNA e per il sequenziamento di cDNA full lenght e per l’individuazione di varianti di splicing e trascritti di fusione. Inoltre, è possibile barcodare i campioni e sequenziarli insieme, riducendo così i costi a campione.

IV. Sequenziamento di RNA diretto

Questo tipo di sequenziamento, poiché non prevede nessuno step di frammentazione e di amplificazione, è adatto per campioni con un’alta quantità di RNA e per il sequenziamento diretto dell'RNA, senza la necessità di convertirlo in cDNA consentendo così l'identificazione di basi modificate direttamente lungo la sequenza ad RNA.

DESCRIZIONE DELLA TECNOLOGIA

Lunghezza delle reads:
La tecnologia di Terza Generazione di Sequenziamento (TGS) basata sui nanopori (Oxford Nanopore Technologies) permette di sequenziare frammenti fino a 50 Kb circa e ultra lunghi fino a 4 Mb circa. Rappresenta il complemento ideale alle tecnologie di seconda generazione basate sul sequenziamento di librerie di DNA frammentato con letture di massimo 600bp in paired end. La possibilità di sequenziare lunghi frammenti genomici consente di ottenere assemblaggi de novo completi e più accurati e analizzare lunghe variazioni strutturali.

Analisi in tempo reale:
La tecnologia di Terza Generazione di Sequenziamento (TGS) basata sui nanopori (Oxford Nanopore Technologies) consente l'analisi del sequenziamento in tempo reale di DNA o RNA nativi. Il sequenziamento avviene in una Flow Cell in cui sono presenti nanopori incorporati in una membrana elettroresistente. Quando le molecole attraversano ciascun nanoporo, la corrente viene interrotta e il segnale decodificato utilizzando algoritmi di base calling per generare la sequenza di DNA o RNA.

L'offerta Bio-Fab prevede:

1. Elaborazione del disegno sperimentale;
2. Servizio di preparazione della libreria;
3. Validazione e quantificazione della libreria tramite Agilent Tape Station e Qubit;
4. analisi Bioinformatica primaria dei dati e generazione dei files .fastq;
5. Analisi Bioinformatica post sequenziamento;
6. Supporto specialistico durante tutte le fasi di sviluppo del progetto.

Bioinformatica e Analisi dati