Con il primer walking sequenziamo tratti molto lunghi di DNA (frammenti di PCR, plasmidi, BAC, Cosmidi, Adenovirus…) allineando piu' reazioni innescate da oligo diversi. Le reazioni di sequenza vengono fatte disegnando oligo  ogni 400 basi, progettati o su una sequenza di riferimento o sul risultato delle reazioni precedenti.

ssDNA:

Voi dovete: Preparare il DNA e specificare quante basi volete sequenziare. Inviarci, se l’avete, una sequenza di riferimento che abbia una buona omologia con quella che volete sequenziare. Per le quantità da inviare accordarsi con il laboratorio.

Noi dobbiamo: Sintetizzare gli oligo ogni 400bp e creare una vostra banca oligo personale (durata due anni) tramite attivazione di una folder interattiva nell'area riservata.
Allineare tutte le letture effettuate e spedirvi la consensus in formato fasta, i singoli elettroferogrammi e una mappa di appaiamento degli oligo. L'accuratezza del risultato prevista è del 99.8%.

Gli accordi e le strategie possono variare a seconda della complessità del sequenziamento a cui si può andare incontro.

dsDNA:

Voi dovete: Preparare il DNA e specificare quante basi volete sequenziare. Inviarci, se l’avete, una sequenza di riferimento che abbia una buona omologia con quella che volete sequenziare. Per le quantità da inviare accordarsi con il laboratorio.

Noi dobbiamo: Sintetizzare gli oligo for e rev ogni 400bp e creare una vostra banca oligo personale (durata due anni) tramite attivazione di una folder interattiva nell'area riservata.
Allineare tutte le letture effettuate e spedirvi la consensus in formato fasta, i singoli elettroferogrammi e una mappa di appaiamento degli oligo. Con le letture su entrambi gli strand l'accuratezza del risultato prevista aumenta fino al 99.99%.

Gli accordi e le strategie possono variare a seconda della complessità del sequenziamento a cui si può andare incontro.